Il Museo Etnografico di Zagabria contiene due collezioni di strumenti musicali tradizionali, la Collezione di strumenti e la Collezione di strumenti in proprietà di Franjo K. Kuhač (deposito). Sono annoverati nella Collezione di strumenti 560 oggetti, esempi celebri della creazione musicale cittadina, creati e decorati con differenti metodi e tecniche, suonati in diversi contesti sociali. Gli esemplari più antichi risalgono alla metà del XVIII secolo, la maggioranza al XIX secolo e all’inizio del XX secolo. Gli strumenti sono strutturati in base alla classificazione HS in aerofoni (strumenti ad aria), cordofoni (strumenti a corda), membranofoni (strumento a percussione con membrana) e idiofoni (strumenti a percussione).
I più numerosi sono gli aerofoni, tra i quali quelli più semplici (provenienza animale) sono i rog (corni), le bučine e trombe (oboe di corteccia) costruite dalla corteccia. Numerosi strumenti a uno o due tubi sonori con l’estensione dei fori quali le frulice (pifferi), le dvojnice (flauto doppio), le jedinke (flauto) ed altri ancora, venivano creati abitualmente da pastori per intrattenimento personale, riscontrabili su tutto il territorio della Croazia. Le sopile/sopele sono strumenti caratteristici dell’Istria, del Litorale croato e del Quarnero, mentre le diple (flauto doppio),, a due tubi sonori con fori e ancia semplice, presenti in Dalmazia, nell’Entroterra dalmato e in Lika. Le Diple possono essere ad una canna o attaccate ad un'otre di capra ovvero di pecora, che serve come serbatoio d'aria e crea di conseguenza una nuova tipologia strumentale – mješnice, mišnice, cornamuse ovvero dude. Le mješnice si legano geograficamente all' Adriatico croato, le cornamuse all'entroterra e alla pianura croata, mentre le dude venivano usate nella Regione della Bilogora, di Križevci e a sud-est della Croazia.
Un'unità a parte della collezione museale sono gli strumenti a corda, gusle - a una corda e a due corde, ricoperta con uno strato sottile di pelle animale. Le gusle sono proprietà della cultura dinara, a differenza della lirica, presente nella Dalmazia meridionale. La Collezione racchiude inoltre le tambure, dalle piccole bisernice e dangubice (tipo di tamburica – liuto a manico lungo) suonate individualmente, passando ai bugari e alle tambure di maggiore grandezza, per finire con i bas (berde – il bassetto), grazie ai quali si creano gruppi musicali minori o intere orchestre.
La collezione con il numero minore di oggetti contenuti è quella dei membranofoni: sul territorio della Croazia si presentano unicamente due tamburi minori, per quanto concerne gli strumenti idiofoni, ne troviamo circa una ventina. Sostanzialmente, il numero maggiore riguarda le čegrtaljke (raganella), costruite generalmente di legno, con un meccanismo di giro, creando il tono da cui deriva il nome dello strumento. Sono protagonisti nelle manifestazioni carnevalesche poiché producono rumori prorompenti, ma anche durante gli ultimi tre giorni della Quaresima per annunciare la cerimonia in chiesa. Siccome gli strumenti fanno parte della creatività popolare e sono stati realizzati da maestri occasionali, molti degli stessi hanno la caratteristica di essere delle opere d'arte, delineati da ornamenti caratteristici che spesso si riferiscono alla componente magica della creatività popolare.
La collezione di strumenti di Francesco K. Kuhač è stata depositata nel museo sin dalla sua fondazione, per esattezza, l'Istituto Croato di musica, al quale Kuhač ha venduto la sua Collezione mediante atto di compravendita risalente al 16 marzo 1886 consegnò la medesima collezione al Museo Etnografico per la conservazione permanente in data 7 novembre 1920, luogo in cui si conserva anche oggi come parte integrante del fondo del Museo Etnografico Francis Ksaver Kuhač è considerato il precursore e certamente uno degli studiosi di musica croati più eclettici che grazie al suo lavoro minuzioso pose le basi per lo sviluppo della scienza musicale croata, classificandosi quale uno dei più celebri studiosi croati della seconda metà del 19° secolo (Marošević, 2009: 237). La sua collezione contiene 56 strumenti raccolti durante ricerche condotte sul campo da Kuhač sul territorio croato ma anche in tutti i Balcani nel periodo tra il 1857 e il 1886.
Gli strumenti raccolti da Kuhač sono della massima importanza, non solo per i longevi esemplari conservati, alcuni dei quali risalgono ad oltre 250 anni, ma anche perché alcuni esemplari dimostrano la continuità delle tradizioni musicali su un particolare territorio.
Ciò è dimostrabile ad esempio grazie alle bordunske dvojnice (registrate sotto il numero di inventario POH-465/1920) con l'ordinamento dei fori 6: 0 che indicano l'uso delle stesse nella città di Zagabria come una specifica modalità di suono in cui una voce suona un tono lungo, mentre la seconda una melodia di un’estensione più ridotta. Questa tipologia di doppi flauti labiali non è più usata sul territorio. Sono importanti i doppi flauti della città di Gimino in Istria che provano l'uso del foro per il pollice sin dal 1882. (programma di gioco 4: 3, POH-463/1920) (cfr. Galin, 1984: 12). Attualmente in uso non ci sono nemmeno le trojke dello Zagorje croato (POH-461/1920), le orgljice (POH-467/1920), il rog del guardiano notturno della Slavonia (POH-436/1920) o delle bučine della Slavonia (POH-437/1920, POH-438/1920). La collezione contiene pure tre strumenti provenienti dall'India e dalla Cina. Kuhač analizzò dettagliatamente e professionalmente quasi tutti gli strumenti appartenenti alla sua collezione privata inserendoli nella prima vasta ricerca etnoorganologica in Croazia "Prilog za poviest glasbe južnoslavjenske: kulturno historijska studija" (1877-1879, 1882). La collezione degli strumenti in proprietà di Franjo Ksaver Kuhač è stata esposta e presentata interamente al pubblico nella Sala concerti „Vatroslav Lisinski“ alla mostra Franjo Ksaver Kuhač – vita e opera, impostata in occasione del 150° anniversario di nascita di Kuhač.